Open Science Starter kit

Mauro Paschetta Esperto di dominio Scienza Aperta Direzione ARIA, Servizio Sistema Bibliotecario Politecnico di Torino [email protected] Open Science Starter kit Open Science Starter kit © 2025 by Mauro Paschetta is licensed under CC BY 4.0 unless otherwise specified in the slides. http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Esperto di dominio Scienza Aperta presso il Politecnico di Torino -Da gennaio 2023 -Presidio della tematica, revisione DMP, assistenza nella stesura delle proposte di progetto, consulenza sulla gestione dei dati/codice, training e formazione, stesura policies e linee guida, partecipazione a iniziative e progetti nazionali e internazionali -Referente attività trasversale sugli Open data a supporto per data management plan e open access per il Gruppo di Lavoro PNRR. -Docente del Corso Soft Skill per i dottorandi “Open Science and Research Data Management” Prima: PhD in Biologia, project manager di progetti EU presso l’Università di Torino. [email protected] / ORCID: 0000-0002-3469-3808 Membro dell’AISA (Associazione Italiana Scienza Aperta) Membro del Progetto HEU Skills4EOSC Membro del COARA Italian National Chapter Membro del Gruppo di Coordinamento della Comunità Italiana Data Steward Mauro Paschetta •Open Science: il contesto e i princìpi •Open access alle pubblicazioni •Gestione dati (e altri output) della ricerca secondo i principi FAIR •Open Science in Horizon Europe •Il Data Management Plan •I servizi e il supporto del Politecnico di Torino •Q&A Summary Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Parte 1 OPEN SCIENCE: IL CONTESTO E I PRINCÌPI Appello per l'accesso aperto alle pubblicazioni sul COVID-19 «Given the urgency of the situation, it is particularly important that scientists and the public can access research outcomes as soon as possible. The countries listed below urge publishers to voluntarily agree to make their COVID-19 and coronavirus-related publications, and the available data supporting them, immediately accessible in PubMed Central and other appropriate public repositories. Importantly, this information should be in both humanand machine-readable format, to allow for full text and data mining using artificial intelligence with rights accorded for research reuse and secondary analysis.» To: Members of the Scholarly Publishing Community From: National Science and Technology Advisors of Australia, Brazil, Canada, European Commission, France, Germany, India, Italy, Japan, New Zealand, Portugal, Republic of Korea, Singapore, Spain, United Kingdom, United States of America Date: March 13, 2020 Subject: Please, please, please Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Condivisione dei dati e dei risultati della ricerca relativi all'epidemia del nuovo coronavirus (COVID-19) We intend to apply the principles of this statement to similar outbreaks in the future where there is a significant public health benefit to ensuring data is shared widely and rapidly. Date: January 30, 2020 Signatories: funders and publishers We commit to work together to help ensure: •all peer-reviewed research publications relevant to the outbreak are made immediately open access, or freely available at least for the duration of the outbreak •research findings are made available via preprint servers before journal publication, or via platforms that make papers openly accessible before peer review, with clear statements regarding the availability of underlying data •researchers share interim and final research data relating to the outbreak, together with protocols and standards used to collect the data, as rapidly and widely as possible Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Non è stata la prima volta… https://doi.org/10.1038/442981a Ilaria Capua e l’accesso aperto ai dati dell’influenza aviaria …e poi disastro di Fukushima nel 2011, epidemia di ebola partita in Guinea nel 2014, … Pubblicazioni 2003-2023 su WOS Core Collection 31% 27% 19% 28% 25% 31% 21% Source: WOS, 12/03/2024 Andrea Solieri - UNIMORE 17% 22% 19% 18% 25% 20% 21% 25% 19% 15% Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Altri stanno seguendo, a livello nazionale e regionale Gli enti finanziatori premono per una Scienza Aperta, concentrandosi sui dati FAIR. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Perché questo? •Integrità della ricerca (trasparenza, riproducibilità) •Valorizzazione di TUTTI gli output della ricerca •Evitare la duplicazione degli sforzi Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Cosa viene richiesto in pratica? Accesso aperto alle PUBBLICAZIONI Gestione DATI della ricerca secondo princìpi FAIR (DMP) Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Parte 2 OPEN ACCESS ALLE PUBBLICAZIONI Cosa significa accesso aperto? Definition of Open Access according to the Budapest Open Access Initiative L'accesso aperto si riferisce all'accesso online gratuito eillimitato ai risultati della ricerca per tutti, senza costi di accesso e senza barriere legali e tecniche. L'unico vincolo alla riproduzione e alla distribuzione dovrebbe essere quello di dare agli autori il controllo sull'integrità del loro lavoro e il diritto di essere adeguatamente riconosciuti ecitati. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Il paradosso della catena di produzione dell'editoria scientifica Perché le accademie spendono soldi pubblici per finanziare la ricerca e poi chiudono i risultati in riviste scientifiche a pagamento e ad accesso limitato? Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a 1-3 milioni €/anno 100-6000 €/articolo 100-3000 €/articolo 1-3 milioni €/anno + Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Gold Road •Per pubblicare su riviste OA potrebbe essere richiesto un costo di elaborazione dell'articolo (APC, 100-6.000€/articolo). •Gli articoli sono di solito concessi in licenza per la condivisione e il riutilizzo tramite licenze Creative Commons, senza trasferimento del copyright alla rivista. Pubblicare in una rivista con modello editoriale ad accesso aperto. Gli articoli sono immediatamente disponibili dopo la pubblicazione, senza restrizioni. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Green Road (o repository road) •La maggior parte degli editori consente il deposito di articoli scientifici negli archivi istituzionali nella versione postprint o Author's Accepted Manuscript (AAM). •Potrebbe essere richiesto un periodo di embargo, a seconda della politica dell'editore. •È possibile scegliere il proprio archivio istituzionale o un archivio esterno (possibilmente «trusted»). Depositare l'articolo nella versione consentita per l'accesso aperto dall'editore in un repository (verificare le politiche editoriali). Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Red Road (hybrid model) •Criticato da gran parte della comunità OA poiché gli editori ottengono denaro sia dagli abbonamenti pagati dalle istituzioni che dagli autori per l'opzione OA (double dipping). Alcuni editori commerciali offrono la possibilità di rendere accessibili in modalità OA gli articoli pubblicati nelle loro riviste in abbonamento, previo pagamento di una tariffa. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a The OA Diamond Journals Study. Part 2: Recommendation - Report (March 2021) supported by Science Europe and COAlition S: In search of a common funding strategy to support Diamon OA https://zenodo.org/record/4562790#.YEiPNZ1KjIU •Il Diamond Open Access è la forma più avanzata di libero accesso alle pubblicazioni scientifiche. •Il libero accesso è valido dal momento della pubblicazione. •Completamente gratuito sia per gli autori che per i lettori. •Finanziato attraverso quote associative delle società scientifiche o da enti e istituzioni di finanziamento. •Il suo funzionamento dipende in gran parte da volontari, università e governo. Diamond Road Riviste guidate dalla comunità, dirette da accademici e di proprietà accademica. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a 1.Vantaggi concreti per il ricercatore. 2.Migliora la riproducibilità, l'affidabilità, la trasparenza e l'integrità della vostra ricerca. 3.Perché (spesso) è un requisito richiesto da editori, istituzioni e finanziatori. Perchè gestire i dati della ricerca? Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Il mio primo articolo scientifico Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a •Non esisteva alcuna dichiarazione obbligatoria sulla disponibilità dei dati. Gli autori non erano tenuti a condividere i dati o i codici a supporto delle loro scoperte: era la norma! •Dove sono i dati? −Dati grezzi: nel laboratorio dove ho svolto il mio dottorato di ricerca, archiviati su hard disk esterni e sul mio PC di allora. I metadati relativi, se presenti, erano registrati su file excel o README nelle stesse location dei dati. I dati grezzi sono stati salvati nel formato di acquisizione originale. −Codice: il codice per le analisi dei dati è stato salvato su un vecchio disco rigido portatile rimasto nel laboratorio. −Dati analizzati: i risultati (immagini, figure, analisi statistiche, ecc.) sono stati salvati su un disco rigido portatile, conservato nel laboratorio in cui ho svolto il dottorato. Il formato dei dati era il formato proprietario SPSS (.sav, .spo .spv,…) Dove sono oggi i dati a sostegno delle mie conclusioni? SEBBENE VALIDA E CORRETTA, QUELLA RICERCA NON È RIUTILIZZABILE NÉ RIPRODUCIBILE Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Dal 60% all'85% non è in grado di riprodurre gli esperimenti altrui Dal 40% al 65% non è in grado di riprodurre i propri esperimenti! La crisi della riproducibilità Baker, M. 1,500 scientists lift the lid on reproducibility. Nature 533, 452–454 (2016). https://doi.org/10.1038/533452a Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a "È emerso che una percentuale elevata di studi non può essere riprodotta: studi condotti rispettivamente in psicologia e oncologia suggeriscono che solo il 1040% dei risultati è robusto nella replicazione.” Weber, C. F. (2022). Why We Need Open Science. Berlin Exchange Medicine. Retrieved from https://journal.medicine.berlinexchange.de/pub/swjogoy1 La crisi della riproducibilità Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a •La disponibilità dei dati diminuisce del 17% all'anno https://doi.org/10.1016/j.cub.2013.11.014 Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a La crisi della riproducibilità I dati sono informazioni (in una varietà di forme e formati) Fatti, osservazioni o esperienze su cui si basa o viene verificata una tesi o una teoria. «Scientific data: The recorded factual material commonly accepted in the scientific community as of sufficient quality to validate and replicate research findings, regardless of whether the data are used to support scholarly publications.» NIH Policy for Data Management and Sharing Cosa intendiamo con «dati della ricerca»? «I dati di ricerca si riferiscono a tutto ciò che è necessario per verificare o riprodurre i risultati della ricerca, o per acquisire una comprensione più approfondita degli stessi. I dati di ricerca vengono raccolti utilizzando una varietà di approcci e metodi di ricerca.» Credits: MANTRA, a free online course of Research Data Management from the University of Edinburgh. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Dati numerici: misurazioni strumentali, risposte ai sondaggi. Documentazione: pubblicazioni, metodi sperimentali, appunti sul campo, metodi analitici, relazioni tecniche, descrizioni dei set di dati. Immagini digitali: fotografie, diagrammi, grafici. Audio digitale: dati audio, interviste, registrazioni di fauna selvatica, registrazioni linguistiche. Video digitale: registrazioni ad alta velocità, interviste. Dati di configurazione: impostazioni di configurazione e ottimizzazione per simulazioni e sperimentazioni in silico. Software: codice sorgente, software finale, versioni, procedure. Cosa intendiamo con «dati della ricerca»? Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Cosa intendiamo con «dati della ricerca»? Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a E’ un asset di valore per la ricerca e il ricercatore Ogni ricerca produce o riutilizza dei dati, ma ogni area disciplinare ha le sue specificità nella tipologia di dati prodotti e nelle loro strategie di gestione AREA BIOMEDICA AREA UMANISTICA AREA TECNOLOGICA AREA SOCIALE Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a I Dati non sono vostri! Cartoon credit: Foster project Il diritto di proprietà SUI GENERIS (solo in Europa) copre non solo la riproduzione e la diffusione della banca dati, ma anche l'estrazione e il riutilizzo di parti sostanziali della banca dati. I dati grezzi NON sono opera intellettuale, sono fatti e informazioni = non sono protetti da copyright! La protezione del diritto d'autore copre le espressioni e non le idee, le procedure, i metodi operativi o i concetti matematici in quanto tali. La protezione riguarda le banche dati e non i dati. I dati sono protetti solo e soprattutto quando sono raccolti e organizzati in una banca dati = se il database contiene uno «sforzo creativo». Spoiler: spesso chi possiede i diritti è l’istituzione Rendere i dati “interoperabili” significa: •utilizzare formati e standard comuni •utilizzare vocabolari e ontologie controllate Interoperable I tuoi dati possono essere integrati con altri dati e/o possono essere facilmente utilizzati e interpretati da macchine o altri ricercatori. https://fairsharing.org/standards/ Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Reusable Rendere i tuoi dati “riutilizzabili” significa assicurarsi che: •Siano ben documentati •abbiano informazioni chiare sulla licenza e sulla provenienza Creare documentazione, come un file README, per garantire che i dati possano essere interpretati e rianalizzati correttamente da altri. Essa dovrebbe contenere non solo informazioni sui dati, ma anche informazioni sulla loro elaborazione. L'obiettivo finale della “FAIRification” è ottimizzare il riutilizzo dei dati. A tal fine, i (meta)dati devono essere descritti adeguatamente, in modo da poter essere replicati e/o combinati in contesti diversi. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Come gestire i dati durante il progetto Organizzazione dei Dati XXX Organizzazione cartelle Imposta una chiara struttura di directory chiara che includa informazioni quali il titolo del progetto, una data e un qualche tipo di identificatore univoco. Esempi di struttura di directory File naming Sii coerente e descrittivo nel denominare e organizzare i file. Scegli un formato per denominare i tuoi file e utilizzalo in modo coerente. Convenzioni di denominazione dei file Version control Quando crei nuove versioni dei tuoi file, registra le modifiche apportate ai file e assegna ai nuovi file un nome univoco. Specifiche del versioning semantico r e a d y to be Formati dei file Salvare i dati in un formato di file non proprietario (aperto) e standard, quando possibile. Quando si utilizza un formato proprietario, includere un file readme.txt. Preferenze di formato digitale Controllo qualità Assicurarsi che i dati registrati riflettano fatti, risposte, osservazioni ed eventi reali. Documentare in dettaglio le modalità di raccolta dei dati. Azioni di controllo qualità Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Vocabolario Utilizzare un vocabolario comune relativo alla proprio dominio scientifico e.g. IEEE standards SAE standards Documentazione Documentare i dati in modo appropriato. Spiegare le procedure e i metodi di lavoro sul campo, gli obiettivi e la metodologia della ricerca. Descrivere il significato delle variabili e dei codici utilizzati. Descrivere eventuali derivazioni, trasformazioni, deidentificazioni (pseudonimizzazione e/o anonimizzazione) o pulizia dei dati effettuate. Fornire informazioni per citare e individuare i dati. Allegare sempre un file readme. r e a d y to be Come gestire i dati durante il progetto Descrizione dei Dati Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Controllo degli accessi Chi potrebbe accedere ai tuoi dati? Cosa potrebbero fare con essi? Sono necessarie restrizioni d'uso specifiche? Per quanto tempo desideri che i dati siano disponibili? Strategia di backup Con quale frequenza dovresti eseguire il backup dei tuoi dati? Quante copie dovresti avere (segui la regola 3-2-1)? Dove li archivierai? Dati riservati, sensibili e personali Le informazioni personali possono essere rimosse dai file di dati e archiviate separatamente con misure di sicurezza più rigorose. Crittografia Tutti i file o le cartelle digitali che contengono informazioni e dati sensibili devono essere crittografati. È possibile crittografare singoli file, cartelle o interi volumi di disco e dispositivi di archiviazione USB. Anonimizzazione Implementare tecniche di anonimizzazione. Esaminare i dati e rivalutare eventuali rischi di divulgazione residui. Come gestire i dati durante il progetto Sicurezza dei Dati r e a d y to be 3 copie 2 location separate 1 copia su archivio esterno Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Parte 4 OPEN SCIENCE IN HORIZON EUROPE Open Science in Horizon Europe L'Open Science entra nella fase di proposta e non solo nell'attuazione dei progetti: le pratiche di Open Science vengono considerate nella fase di valutazione delle proposte. ver. 6.0 Nov 2022 Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Part A: Application form Elenco di un massimo di 5 pubblicazioni, set di dati ampiamente utilizzati, software, beni, servizi o qualsiasi altro risultato pertinente al contenuto del progetto. - Le pubblicazioni dovranno essere ad accesso libero -I dataset dovranno essere FAIR e «as open as possible, as closed as necessary» Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Methodology 1. Excellence Part B: Project proposal - Technical description Descrizione delle modalità di adozione delle pratiche di scienza aperta obbligatorie e raccomandate (max 1 pagina) Descrizione della gestione dei dati di ricerca (max 1 pagina) se prevedi di generare/riutilizzare dati (una sorta di breve DMP) Fare riferimento alle pratiche di scienza aperta descritte nella sezione dedicata alla metodologia (accesso aperto ai risultati, condivisione aperta e immediata, ecc.). Impact 2. Measures to maximize impact. Dissemination, exploitation & communication Verificare che le pratiche proposte siano compatibili con il piano di disseminazione e valorizzazione e con il Grant Agreement. 2.2 1.2 Giustificare quali pratiche non si potranno implementare! Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Pratiche di Scienza Aperta nell'ambito di Horizon Europe OBBLIGATORIE 1. Open and immediate access to scientific pubblications 2. Responsible management of research data in line with FAIR principles 3. Measures to ensure reproducibility of results RACCOMANDATE 4. Early and open sharing 5. Open peer-review 6. Citizen science, public engagement Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a HORIZON EUROPE DMP TEMPLATE Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Link utili per la compilazione del DMP DMPonline ARGOS Data Stewardship Wizard (DSW) Data Management Decision Tree DCC DMP Checklist Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Parte 6 I SERVIZI E IL SUPPORTO DEL POLITECNICO DI TORINO I ricercatori hanno bisogno di supporto per rendere la loro ricerca aperta e «FAIR» Incentivi e riconoscimenti •La valutazione della ricerca deve riconoscere e valorizzare le pratiche di Scienza Aperta e di gestione dei dati della ricerca •Fondi per fare Scienza Aperta •Bandi in cui vengono premiate le pratiche di Scienza Aperta Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Open Science e RDM: supporto e best practice al PoliTO Incentivi e riconoscimenti •Membri della Coalition for Advancing Research Assessment (CoARA)e firmatari dell'Accordo sulla riforma della valutazione della ricerca per modificare le pratiche di valutazione della ricerca, dei ricercatori e delle organizzazioni che svolgono attività di ricerca, al fine di riconoscere la diversità dei risultati, delle pratiche e delle attività che massimizzano la qualità e l'impatto della ricerca. •Politecnico di Torino - CoARA Action Plan Ha lo scopo di delineare strategie e azioni concrete per attuare i principi e le raccomandazioni proposti dal CoARA, con l'obiettivo di migliorare il processo interno di valutazione della ricerca e includere le pratiche OS e RDM nella valutazione. Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Personale dedicato Gruppo di lavoro Open Access Personale della Biblioteca Centrale e dei Dipartimenti, che promuove pratiche di accesso aperto, supporta i ricercatori, controlla e convalida il deposito dei prodotti della ricerca nell'archivio istituzionale. Esperto di dominio Scienza Aperta (~ Data Steward) Primo punto di contatto per Open Science e Research Data Management. Supporto al personale docente e ai ricercatori durante la fase di richiesta di sovvenzioni e nella fase post-assegnazione (DMP, gestione dei dati di ricerca, accesso aperto). Corsi, webinar, divulgazione su Open Science/RDM Monitoraggio delle iniziative Open Science in Europa e partecipazione a reti nazionali e internazionali che promuovono la scienza aperta (AISA, ICDI, EOSC, CESAER, Unite!Alliance, CoARA) Open Science e RDM: supporto e best practice al PoliTO Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Data Steward «Coloro che possiedono e utilizzano nel proprio lavoro le competenze necessarie per gestire e valorizzare i dati della ricerca, al fine di massimizzarne l’uso da parte della comunità scientifica e della società, proteggendo al contempo i diritti e gli interessi legittimi di tutti gli stakeholder.» Whyte, A., Green, D., Avanço, K., Di Giorgio, S., Gingold, A., Horton, L., Koteska, B., Kyprianou, K., Prnjat, O., Rauste, P., Schirru, L., Sowinski, C., Torres Ramos, G., van Leersum, N., Sharma, C., Méndez, E., & Lazzeri, E. (2023). D2.1 Catalogue of Open Science Career Profiles - Minimum Viable Skillsets (v1.2). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.8101903 Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Direttrice del Centro Studi Scienza Aperta Punto di contatto accademico per la Scienza Aperta, promuove l'evoluzione dell'università verso la scienza aperta. Gruppo di lavoro Open Access (Biblioteca PoliTO) Personale dell'Amministrazione Centrale e del Dipartimento, che promuove pratiche di accesso aperto, supporta i ricercatori, controlla e convalida il deposito dei prodotti della ricerca nell'archivio istituzionale (PORTO@Iris) Responsabile della sicurezza informatica e dell'IT per la ricerca Servizi e strutture per l'archiviazione, l'elaborazione e la sicurezza dei dati presso il Politecnico di Torino. Responsabile della protezione dei dati (DPO) Questioni relative alla privacy e valutazione d'impatto sulla protezione dei dati. Comitato etico Garantire il rispetto dei principi etici nella gestione dei dati di ricerca. Ufficio Trasferimento Tecnologico Per comprendere se e quando condividere dati, codice sorgente e software Commissione Open Science Rappresentanti di ciascun Dipartimento, Responsabili della Biblioteca, dell'Area Ricerca e del Servizio Qualità e Valutazione. Formulazione di proposte per l'attuazione e la promozione del principio di Open Science, organizzazione di iniziative di formazione e sensibilizzazione, revisione e aggiornamento delle politiche. Esperto di dominio Scienza Aperta (me ≈ Data Steward) Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Open Science e RDM: supporto e best practice al PoliTO Direttrice del Centro Studi Scienza Aperta (Prof. Federica Cappelluti) Punto di contatto accademico per la Scienza Aperta, promuove l'evoluzione dell'università verso la scienza aperta. Commissione Open Science (VR per la Ricerca e Innovazione, VR per la Qualità, Delegato del Rettore per la Cultura e la Comunicazione, Delegati Dipartimentali, membri del Gruppo di lavoro Open Access, Responsabile della Biblioteca, dell’ufficio Ricerca e dell’Ufficio Qualità e Valutazione) •formulare proposte per l'attuazione del principio della scienza aperta •definire proposte per promuovere e sostenere la pubblicazione scientifica aperta •collaborare con istituzioni esterne che promuovono la scienza aperta •rivedere e aggiornare le politiche e le linee guida operative •organizzare iniziative di formazione e sensibilizzazione sulla scienza aperta Open Science Starter kit M a u r o P a s c h e t t a Supporto istituzionale